Pondok Pesantren Fatkhul Muin Purwokerto merupakan cabang dari Pondok Pesantren Fatkhul Muin Ali Masykur Wonosobo yang berdiri sejak tahun 2006. Pondok Pesantren Fatkhul Mu’in Purwokerto berdiri sejak September 2011. Niat untuk mendirikan Pondok Pesantren Fatkhul Mu’in di Purwokerto ini berawal dari kajian mingguan tadarus dan tafsir Al-Qur’an yang diikuti oleh Mahasiswa IAIN Purwokerto yang sekarang UIN PROF. K.H. Saifuddin Zuhri Purwokerto di mana mereka datang disaat kegiatan dan pulang kembali ketempat domisilinya setelah kegiatan selesai. Mulai tahun 2012 mereka mulai menetap di asrama Pondok dan sebagian rumah sekitarnya. Pendirian Pondok Pesantren Fatkhul Mu’in ini secara umum merupakan respon akan kebutuhan masyarakat akan pentingnya menyiapkan generasi yang mempunyai basis iman yang kuat, akhlak yang mulia serta berwawasan keislaman yang inklusif serta mempunyai jiwa yang kokoh, bersih, dan teguh pendirian.